תחומי הוראה ומחקר
-
תכנון וניתוח אלגוריתמים -
ביולוגיה חישובית בחקר הסרטן ומחלות אחרות; שיתופי פעולה במדעי הרפואה
-
ניתוח נתונים עם דגש על טכנולוגיות ריצוף
-
אורן בעל תואר דוקטור מבית הספר למחקר ביו-רפואי וחקר הסרטן ע״ש שמוניס, באוניברסיטת תל אביב. בנוסף אורן בוגר תואר ראשון במדעי המחשב וביולוגיה עם התמחות בביואינפורמטיקה ומוסמך תואר שני במדעי המחשב עם התמחות בביואינפורמטיקה (שניהם בהצטיינות). במסגרת מחקרו, אורן התמחה בניתוח נתוני עתק של ריצוף עמוק וחוקר גנומיקה ואבולוציה של חיידקים (מה גורם לחיידקים לפתח עמידות לאנטיביוטיקה?) ואבולוציה של נוגדנים (אין חיסון נגד HIV? האמנם?) באמצעות אלגוריתמי למידת מכונה וכלים חישוביים שמפתח. מחקריו של אורן הוצגו על ידו בכנסים בינלאומיים ברחבי העולם וכן, פורסמו בכתבי עת מדעיים מהמובילים בתחום מחקרו. בנוסף לרקע המחקרי, אורן מביא עמו גם רקע פרקטי, לאחר שעבד בעבר בחברת מיקרוסופט בצוות הפיתוח של קורטנה (העוזרת האישית הדיגיטלית). אורן מפתח בשפת פייתון מאז 2010 ומלמד קורסי תכנות וניתוח נתונים מאז 2015 לתואר ראשון (בפקולטה להנדסה ובבית הספר למדעי המחשב באוניברסיטת תל אביב ובבית הספר ליזמות במרכז הבינתחומי) ולתואר שני (בבית הספר לניהול באוניברסיטת תל אביב).
-
Harnessing machine learning to unravel protein degradation in mSystems, 2021
Proteomic analysis of serum antibodies web server; PLoS Computational Biology, 2021
ASAP - A web server for Immunoglobulin-Sequencing analysis pipeline; Frontiers in Immunology, 2018
Inferring indel parameters using a simulation-based approach; Genome Biology and Evolution, 2015