במסגרת "ממשלת הצללים" מוקמים משרדי ממשלה מקבילים לאלה הפועלים בממשלת ישראל. כל משרד מורכב מסטודנטים נבחרים, בניהול ופיקוח של עוזר הוראה, יועץ אקדמי ויועץ מקצועי (שר או חבר כנסת לשעבר). משתתפי התוכנית לומדים מקרוב תהליכים, דילמות ומגבלות בתהליכי העבודה של הממשלה, מתנסים בעבודת מטה ובתהליכי קבלת החלטות במסגרת המתח המובנה בין שיקולים מדיניים, סקטוריאליים, פוליטיים, תקציביים, חברתיים ואחרים.

ניירות עמדה
כל "משרד צללים" מפרסם ניירות עמדה תקופיים שמציגים את עמדת הצוות על פעילותו של המשרד הממשלתי המקביל.